Обычно на удаленном сайте вам нужны только библиотеки X11, а не полноценный сервер.На локальном компьютере вы устанавливаете сервер X11.Я рекомендую использовать Cygwin и использовать сервер X.org, который поставляется.Тогда вы делаете
YOURWINDOWSMACHINE ~ > ssh -X USER@ec2-instance-address
EC2-INSTANCE ~ > some_program_using_X11