Для проектов узлов обычно есть папка test на верхнем уровне. Например, для моих проектов у меня обычно есть эти папки:
bin
(для бункеров)
lib
(для файлов моей библиотеки node.js)
test
(для испытаний)
config
(для конфигурационных файлов, если необходимо)
public
или static
(для статических активов, если необходимо)
node_modules
(где в конечном итоге собираются модули, установленные с npm)
По большей части не так критично, как вы организуете код, если он организован и имеет очевидные точки входа. По сути, вы должны иметь возможность набрать «npm test» и заставить его работать, прочитав команду из package.json.