Моя сборка, очевидно, удаляет их
Я предполагаю, что все наоборот, не добавляет их.
Ваш классфайлы находятся внутри target / classes, и они должны находиться внутри target / webapp / WEB-INF / classes.Я предполагаю, что вам нужно другое правило, подобное этому:
<fileSet>
<directory>target/classes</directory>
<outputDirectory>/webapp/WEB-INF/classes</outputDirectory>
</fileSet>