Я могу придумать несколько вариантов:
1) (извините, если это очевидно). При слиянии изменения производятся локально в вашем рабочем пространстве и не фиксируются в базе данных TFS. Когда слияние завершено, вам нужно проверить изменения, прежде чем они будут отражены в TFS и (надеюсь) исчезнуть из списков «вещей, которые еще предстоит объединить».
2) У вас есть более одного рабочего пространства? (например, однажды я попытался использовать обычную рабочую область Dev для ствола и специальную рабочую область слияния, которая отображалась как в стволе, так и в ветви)
Если вы объединяетесь в одно рабочее пространство, объединенные файлы появятся только в ожидающих изменениях для этого рабочего пространства. Обратите внимание, что в окне «Обозреватель исходного кода» и в окнах «Ожидающие изменения» имеется собственное раскрывающееся меню «Рабочая область», и если вы переключите рабочие области в своем обозревателе SC (чтобы выполнить слияние), ожидающие изменения не будут переключаться, и поэтому будут выглядеть в другом рабочем пространстве. Это несколько раз поймало меня («Я сделал слияние, но TFS не изменила ни один из файлов. Что происходит?!»)
3) Иногда кажется, что TFS запутывается и ведет себя хаотично. С каждой новой версией TFS это становится значительно лучше, но это случается со мной иногда в 2010 году. (Это не тот ответ, который вы хотите услышать, я знаю: -)