Как писал @Darin, вы можете просто получить состояние предыдущей версии / набора изменений на свой ПК, а затем зарегистрировать его как новую версию, тем самым отменяя эффект регистрации. Это очень просто и может быть сделано из GUI, но включает в себя немало недоработок.
Если вы счастливы использовать командную строку, вы также можете подать команду TFS на откат набора изменений для вас. Это выполняет всю «работу» вышеуказанного варианта, оставляя вам набор изменений в ожидающих изменениях, которые отменят эффект проверки, но, надеюсь, с меньшими усилиями.