Насколько мне известно, расширение gettext в PHP кэширует файлы .mo, так что это не только проблема lighty:)
Я бы предложил использовать компонент Zend_Translate.Zend_Translate_Adapter_Gettext не использует расширение PHP gettext, но имеет собственную реализацию.Кроме того, Zend_Translate_Adapter_Gettext является многопоточным безопасным, что неверно для расширения gettext в PHP.