Вы можете написать небольшую собственную библиотеку, которую Java вызывает для выполнения операции.Я почти уверен, что вы можете использовать язык .NET или C ++ для подключения к PowerPoint и сделать так, чтобы он «печатал» в формате PDF или в другом пригодном для использования формате. Здесь - это небольшой пример приложения, которое выполняет некоторую автоматизацию.