Возможно, что модель EF запуталась (испортилась) после добавления ключей. Таблица «многие ко многим» является немного особенной, поскольку она не будет отображаться как объект на диаграмме EF, если она содержит только ключи.
Чтобы решить эту проблему, самым простым решением было бы удалить модель и затем восстановить ее.