Как вы можете наилучшим образом fragement зависит от файловой системы.
Как правило, одновременно открывается большое количество файлов. Открытие файла создаст новую запись в каталоге, но не приведет к записи блока для этого файла. Но теперь пройдемся по каждому файлу по очереди, записав один блок. Обычно это приводит к использованию следующего свободного блока, что приводит к фрагментации всех ваших файлов по отношению друг к другу.
Фрагментация существующих файлов - это другое дело. В основном, сделайте то же самое, но сделайте это на копии существующих файлов, выполнив удаление оригинала и переименовав копию.