По умолчанию путь для включения в PHP включает .
. Это представляет текущий рабочий каталог (CWD), поэтому ваши включения работают.
Я думаю, что лучше всего обойтись безопасным и по возможности использовать явные пути включения или абсолютные пути, как указано в вашем вопросе.
Популярный метод
set_include_path(implode(PATH_SEPARATOR, array(
$applicationIncludePath,
get_include_path()
));