Я не совсем уверен в том, что происходит, но, учитывая, что имя исходного файла содержит фактическое имя класса, кто-то может использовать это для отображения обфусцированных имен классов в реальные имена классов.Принимая во внимание, что все уже перемешано, зачем вообще сохранять исходный файл?Все должно и будет работать, подробности отладки не требуются среде выполнения, поэтому нет смысла их хранить.Чем больше вы убираете, тем лучше с учетом ваших целей.