Почти всегда хорошая идея разбить это на части.Мой типичный «простой» макет сайта имеет заголовок, нижний колонтитул и тело, каждый со своими файлами.Редко, когда более чем на нескольких страницах заголовки / колонтитулы различаются, поэтому почти каждая страница выглядит так:
<?php include('header.inc'); ?>
body goes here
<?php include('footer.inc'); ?>
И файлы верхнего / нижнего колонтитула сводятся к <html><body> и </body></html> соответственно(со всеми обычными css / javascript / meta / headers и т. д., конечно).
Нет ничего плохого в том, чтобы хранить все в одном файле, но тогда вам придется жестко кодировать свои меню /боковые панели / нижние колонтитулы / заголовки / и т. д. ... в каждый файл PHP.