Решение может быть адаптировано из модуля py_compile
:
import marshal
import py_compile
import time
import ast
codeobject = compile(ast.parse('print "Hello World"'), '<string>', 'exec')
with open('output.pyc', 'wb') as fc:
fc.write('\0\0\0\0')
py_compile.wr_long(fc, long(time.time()))
marshal.dump(codeobject, fc)
fc.flush()
fc.seek(0, 0)
fc.write(py_compile.MAGIC)