Для небольшого количества пользователей вы можете делать сбор для каждого пользователя, но для больших чисел вы хотите поместить их в одну коллекцию. Смотри http://www.mongodb.org/display/DOCS/Using+a+Large+Number+of+Collections
Согласно этой странице, нет большого ухудшения производительности при использовании большого количества коллекций.
С точки зрения безопасности вы на самом деле ничего не получаете, к любой коллекции так же легко получить доступ, как и к любой другой, безопасность по большей части на уровне приложения с MongoDB.
С точки зрения управляемости я бы поместил их в одну коллекцию. Таким образом, вы можете легко выполнять задания по уменьшению карты для обобщения статистики пользователей.