Поскольку вы уже выяснили причину этого самостоятельно (вы просто переопределяете ключ массива), вам следует использовать один из следующих параметров:
Вы можете передать все это как строку в первом аргументе:
$this->db->where("status != deleted AND status != concept")->get('table');
Или вы можете сделать 2 отдельных вызова метода:
$this->db->where("status !=", "deleted")
->where("status !=", "concept")
->get('table');
Первый проще, а второй безопаснее.