Полагаю, у вас есть четыре варианта.
Выведите свой javascript на свою страницу внутри тегов скрипта. Самый простой
<script>
<?php echo 'var x = 3;' ?>
</script>
Выведите переменную на свою страницу, а затем прочитайте ее из файла javascript. Неуклюжий, но означает, что вам не нужно создавать глобальные js.
<div id="x" style="display: none;">3</div>
var x = document.getElementById('x').innerHTML();
[Добавлено] - Используйте AJAX для запроса данных и анализа после загрузки страницы.
Последнее, и я не рекомендую его, но настройте php для анализа .js
файлов для динамического создания файлов javascript. Таким образом, вы можете сделать вызов <?php ?>
в своих файлах .js.