Вы можете указать список путей к архиву
git archive -o /tmp/archive.tar -- html/ images/ css/ index.htm
Или вы можете повторно использовать git-ls-файлы
git ls-files -z | xargs -z git archive -o /tmp/archive.tar --
git-ls-files имеет опции для исключения файлов (опционально с помощью customg исключают файлы, аналогичные файлам для каждой директории .gitignore). man git-ls-files