Как уже упоминалось, это сообщает браузеру, какой именно тип документа (например, версия HTML) вы нацеливаете. В частности, некоторые браузеры имеют «режим причуд» и «строгий режим», которые оба отображают (отображают) ваш HTML по-разному во время выполнения.
Существует несколько полезных статей DOCTYPE в A List Apart , которые помогут вам выбрать правильный DTD.