Python 2.6 и Python 3.0 очень совместимы друг с другом. Честно говоря, между ними не так много различий. На данный момент поддержка сторонних библиотек намного лучше для серии 2.x (в последний раз я проверял, некоторые библиотеки, которые я использую, не были обновлены с 2.5, но переход с 2.5 на 2.6 - просто перекомпиляция, но с 2.6 до 3.0 для C-level - это настоящая боль).
Просто начни учиться 2.6. Инфраструктура уже существует, и есть много помощи, когда вы, наконец, захотите перейти на 3.x. 2.x не уйдет: в какой-то момент будет релиз 2.7, так что вам не повезет, если вы изучите 2.6 сейчас.