Хм, вы можете рассмотреть возможность использования Java Webstart . Это немного больше, чем просто пусковая установка, но она может делать то, что вы хотите. Это облегчает развертывание, и вы также можете устанавливать приложения вручную и использовать их в автономном режиме, и это кросс-платформенное.
Или вы можете просто написать простой скрипт оболочки запуска. Многие приложения делают это, и это прекрасно работает.