Если у вас есть структура каталогов
source/
studentServer/
student/
common/
classes/
И вы находитесь в каталоге над источником, затем вы хотите установить исходный путь к 'source' с помощью опции -sourcepath. Возможно, вы также захотите использовать опцию -d, чтобы указать javac, куда поместить скомпилированные классы, чтобы они не смешивались с источником:
java -d classes -sourcepath source source/studentServer/student/*.java source/studentServer/common/*.java