Я бы просто сохранил флаг, связанный с учетной записью пользователя, который говорит, подтверждена ли учетная запись или нет.Затем отметьте этот флаг, когда пользователь пытается войти в систему, и запретите вход в неподтвержденные учетные записи.
Почему-то у меня возникает ощущение, что на самом деле ваш вопрос может быть гораздо больше, чем этот, но если это так, это поможетесли уточнить.