Как правило, вы хотите поместить любой отображаемый контент (например, HTML или Javascript) в представление, а не в контроллер. Из контроллера вы загружаете представление, и представление содержит этот код где-то в нем:
<script type="text/javascript">
alert('your alert');
</script>
См. Руководство пользователя CodeIgniter для получения дополнительной информации о том, как структурировать ваше приложение:
http://www.codeigniter.com/user_guide