вы можете попробовать выполнить итерацию файла и выполнить замену, например
import fileinput
for line in fileinput.FileInput("file",inplace=1):
print line.replace(" ","\t")
или вы можете попробовать * nix инструмент, такой как sed/awk
$ awk '{gsub(/ /,"\t")}1' file > temp && mv temp file
$ ruby -i.bak -ne '$_.gsub!(/ /,"\t")' file