Если у вас есть около 1000 DIV, я предполагаю, что это автоматически сгенерированный HTML?
Если да, то есть ли причина, по которой вы не можете добавить идентификатор и во внутренние DIVs?
<div id="1">
<div id="1.1" class="1"></div>
<div id="1.2" class="2"></div>
...
</div>
<div id="2">
<div id="2.1" class="1"></div>
<div id="2.2" class="2"></div>
...
</div>
Тогда вы можете просто использовать getElementById и не беспокоиться о порядке или интервале и т. Д.
Поскольку идентификаторы элементов на странице должны быть уникальными, это всегда должен быть самый быстрый способ поиска элемента.