Ваша проблема выглядит так, как будто вы ссылаетесь на таблицу из вашего внутреннего запроса во внешнем запросе. Внешний оператор не знает о таблице B_A, потому что вы определили только внутреннюю.
Вы можете попробовать что-то вроде этого:
UPDATE A
JOIN B_A on A.id = B_A.id
SET A.email = B_A.email
WHERE A.email <> B_A.email
Не уверен, что UPDATE JOIN доступен в SQL Server, но этот синтаксис будет работать с другими базами данных.