Кажется, вам не нужны одинарные кавычки в данных:
SQL = "UPDATE Test SET Com = '" & strFile & "' WHERE LEN(Com) = 0;"
... но я думаю, что вам нужно изменить SQL внутри вашего последующего цикла, например
'cycle through the list of files & import to Access
'creating a new table called MyTable
SQL = "UPDATE Test SET Com = '{0}' WHERE LEN(Com) = 0;"
For intFile = 1 To UBound(strFileList)
DoCmd.TransferText acImportDelimi, , _
"Test", strPath & strFileList(intFile)
CurrentDb.Execute Replace$(SQL, "{0}", strPath & strFileList(intFile))
... но это вступит в силу только один раз при обновлении пустых и пустых значений!