Вы смешиваете HTTP_REFERER и HTTP_HOST. Вы должны использовать только HTTP_REFERER. Итак:
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^$
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://domain\.com/ [NC]
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://thumbs\.domain\.com/ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !hotlink\.png$
RewriteRule .*\.(png)$ http://domain.com/hotlink.png [R=302,L]
или даже короче, соответствующие всем поддоменам (и доменам, заканчивающимся на 'domain.com', но это очень маловероятно)
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^$
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !domain\.com/ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !hotlink\.png$
RewriteRule .*\.(png)$ http://domain.com/hotlink.png [R=302,L]