Subversion попытается объединить файл, только если он считает, что это текстовый файл. Если вы вручную установите тип MIME, который указывает двоичную семантику, объединение не будет выполнено, это можно сделать вручную, установив тип MIME, который указывает, что файл является двоичным, а не текстовым.
См. Раздел под названием svn: mime-type на на этой странице для получения дополнительной информации.
Если вы установите тип mime для application / octet-stream, он всегда будет помечать файл как находящийся в конфликтном состоянии.
svn propset svn:mime-type application/octet-stream FILENAME.EDMX
Я рискну предположить, что для Subversion будет невозможно просто игнорировать локальные изменения файла, если только вы не попросите Subversion вообще не отслеживать файл.