Если ваш вопрос касается загрузки файлов конфигурации, которые не являются стандартными файлами App.config или web.config, в ConfigurationManager есть метод, с которым вы можете поиграть.
System.Configuration.Configuration config =
ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(@"pathToFile\Config.dll");
Это попытается загрузить файл с именем Config.dll.config.