Чтобы получить доступ к всплывающему окну, можно сделать что-то вроде этого:
Popup popup = (Popup)comboBox.Template.FindName("PART_Popup", comboBox);
Где, очевидно, comboBox - ваш ComboBox.Ключевой частью здесь является то, что «PART_Popup» - это имя всплывающего окна в шаблоне ComboBox (по крайней мере, в наборе инструментов WPF).
Пример полного фрагмента кода, вызываемого при загрузке ComboBox:
private void cBox_Loaded(object sender, RoutedEventArgs e)
{
ComboBox cBox = sender as ComboBox;
Popup popup = (Popup)cBox.Template.FindName("PART_Popup", cBox);
popup.PopupAnimation = PopupAnimation.Fade;
}