Когда я читаю, что glassfish поддерживает все спецификации API Java EE, а tomcat - нет, означает ли это, что я не могу выполнять некоторые функции на tomcat, которые я могу использовать с помощью glassfish?
http://www.datadisk.co.uk/html_docs/java_app/tomcat6/tomcat6_apache.htm
Tomcat 6 поддерживает API-интерфейсы сервлетов и JSP, тогда как Java EE состоит из этих и других API-интерфейсов.Вам нужно проверить, какие API-интерфейсы EE фактически использует ваш код.