Если я правильно интерпретирую ваш вопрос, простого решения для вашей проблемы не существует.
Вы удаляете HTML-код с сервера, и поскольку ваш код C # не является настоящим веб-браузером, он не выполняет клиентские сценарии.
Таким образом, вы не можете получить доступ к информации, которую не содержит полученный вами HTML-код.
Редактировать: Я не знаю, насколько сложны эти вызовы AJAX с исходного веб-сайта, но вы можете использовать Firebug или Fiddler для IE, чтобы посмотреть, как выполняются запросы для вызова этих AJAX звонки в вашем приложении C # тоже. Таким образом, вы можете добавить информацию, которая вам понадобится. Но это только теоретическое решение.