Нет, это не ожидаемое поведение, и я никогда не видел, чтобы такое происходило с любой версией Eclipse, которую я использовал.
Вы уверены, что действительно видите то, что, по вашему мнению, видите??Возможно, у вас все еще работает процесс debug , и именно в этот момент возникают точки останова, а не в новом run процессе.