Одно из возможных отличий заключается в том, что вы должны использовать последний аргумент в виде строки, когда вы не используете MainWidow.xib.Или я могу сказать, когда вы создаете все виды, контроллер и окно программно.Таким образом, этот последний аргумент зарегистрирует определенный класс в качестве делегата приложения.
Это делается в главном окне XIB с другой стороны.
Это не все, но надеюсь, что это поможет ....