Полагаю, это зависит от того, что вы делаете, когда получаете событие inotify. Если вы отслеживаете последнее смещение, читаете EOF для нового события и обновляете смещение, у вас должно быть все в порядке (это то, что делает tail, за исключением того, что он использует таймер вместо inotify (ну, новые могут использовать inotify )).