Проблема в том, что проекты silverlight в решении строятся случайным образом, поэтому он выбирает файл manifest.xml проекта, который в данный момент собирается, и создает файл xap.Таким образом, решение заключается в создании зависимостей между проектами Sivelright.так что он будет построен в определенном порядке и не будет никакой путаницы в манифесте