Я предлагаю использовать диалоги chrome вместо jQuery. Я написал аналогичное расширение, хотя я не использовал jQuery, а код диалога, написанный мной. Проблема в том, что когда вы вставляете свой HTML-диалог на какую-то случайную страницу, во многих случаях он искажается из-за непредсказуемых конфликтов с загруженным сайтом CSS. Даже при использовании встроенных стилей и других хитростей.
В конце я посмотрел, как реализовано расширение для ноутбука Google, и использовал ту же идею. Работало отлично.