Three.js работает в основном исключительно с контекстом WebGL, созданным на холсте, на который CSS вообще не влияет.Вы можете манипулировать самим холстом с помощью библиотек CSS, но это никак не влияет на работу контекста GL.Таким образом, две библиотеки не должны иметь проблем с сосуществованием.