Это довольно поздний ответ, но для людей, которые столкнутся с той же проблемой (как я).
Обычно, чтобы отбросить db_tables для приложения, которое управляется югом, вы должны использовать:
python manage.py migrate appname zero
Но если вы уронили их вручную в БД, сообщите об этом югу
python manage.py migrate appname zero --fake
И, конечно, для воссоздания таблиц
python manage.py migrate appname