Браузер всегда использует ровно один поток для связи с плагином для всех экземпляров;вы должны сделать то же самое в ответ и никогда не вызывать никакие функции NPN_, кроме основного потока.
Имейте в виду, что если вы делаете что-либо, что может блокировать основной поток вообще вы захотите создать свои собственные потоки, и в этом случае вам может потребоваться блокировка;однако только для браузера?нет, они вам не нужны.