Qt Creator - это просто инструмент автоматизации, он создаст Makefile и смежные файлы для вас.
Если вы хотите кросс-компиляцию, просто расширьте ваш Makefile, чтобы можно было кросс-компилировать, например, с помощью:
export TARGET=i686-mingw32
CXX=$TARGET-g++ RANLIB=$TARGET-ranlib AR=$TARGET-ar make -f Makefile.mingw
Ссылка здесь . Обратите внимание, что вам нужно будет иметь полный набор инструментов для каждой цели, включая библиотеки. Это отдельная тема, но, надеюсь, там есть целая куча статей. Кстати, в большинстве дистрибутивов Linux есть набор инструментов mingw32, и я считаю, что он должен быть и для OSX.
Также вас может заинтересовать tmake - изначально он был разработан для автоматической генерации Make-файлов для сборки Qt.