Просто получите ссылку из xml, используя:
listView=(ListView)findViewById(R.id.listView);
Установите адаптер на свою деятельность
ArrayAdapter<String> adapter=new ArrayAdapter<String>(this, android.R.layout.simple_list_item_multiple_choice, arr);
listView.setAdapter(adapter);
Установите для режима выбора один или несколько вариантов выбора
listVIew.setChoiceMode(ListView.Choice_Mode_Mutlitple);
теперь вы можете устанавливать или снимать флажки в списке.