Ну, это зависит от того, насколько велики различия. Вы можете увидеть аномалии, вызванные планировщиком ядра. Может случиться так, что планировщик предоставляет некоторые дополнительные временные интервалы для функций ядра (потому что вызовы графического API включают проверку ошибок), что показывает больше времени выполнения. Если различия очень велики, я бы сказал, проверьте ваш код, но если он очень низок в миллисекундах, я бы не стал беспокоиться об этом + - 10 мсек - это обычно для кванта временного среза в большинстве ОС (окна, вероятно, включены).
Кроме того, Aero довольно интенсивен, поэтому может усиливать расхождения, которые вы видите.