Не могли бы вы быть более точным?
Будете ли вы обновлять версию mysql с помощью инструмента debian, такого как aptitude или apt?
, или вы сами загрузите и установите новую свежую копию?
в этом случае вы сможете запустить обе версии одновременно.
сбросить старую версию на новую и затем переключиться со старой на новую.
Если вы используете инструменты Debian, я думаю, что это делается "автоматически", но при замене вы отключитесь.