Я не знаю, какую версию Eclipse / Scala-IDE вы используете, но есть две причины, по которым я знаю, что это иногда случается:
1) У вас не установлено JDT для работы в Scala.
Scala-ide использует аспекты для вставки кода в компилятор JDT.Если это не установлено, это может привести к тому, что файлы Scala будут видны как файлы Java.
2) Если каким-либо образом тип содержимого Java Source File
включает * .scala.На самом деле это должно быть Scala Source File
.В этом случае вы должны удалить * .scala из типа содержимого Java Source File
.