Вам необходимо отредактировать регулярное выражение, чтобы оно соответствовало строке, начинающейся, как вам нужно, то есть:
sed '/^ALTER\ TABLE.*ADD\ KEY/d'
, которая
- строка, начинающаяся с "ALTER TABLE"
-, за которой следует 0или больше «что-нибудь»
- с последующим «ADD KEY»