Проекты установки Visual Studio не поддерживают динамические источники для файлов приложения.
Решением является использование общей папки развертывания для обеих конфигураций вашего приложения. Ваш проект установки может затем использовать эту папку. Таким образом, пакет будет использовать все, что было сгенерировано последним в вашей папке развертывания.
Другие инструменты разработки поддерживают переменные пути. По сути, вместо использования жестко закодированных путей вы можете использовать динамическую переменную.