Если вы хотите соединить все точки с этой красной точкой, вы можете попробовать ...
segments(out[1,1],out[1,2],out[,1],out[,2])
Настройка порядка печати и графических характеристикможно было бы немного проще взглянуть на это:
dat <- matrix(runif(1000*99),99,1000)
dat <- rbind(rep(0.1,1000),dat)
out <- cmdscale(dist(dat),k = 2)
plot(out,type="n")
segments(out[1,1],out[1,2],out[,1],out[,2],col="#cccccc")
points(out,col="black",pch=20)
points(out[1,1],out[1,2],col = "red",pch=20)