Вы не можете выбрать 3.5 в качестве версии в IIS.Только 2.0 и 4.0.Не уверен, что 1.1 будет работать в IIS 7. Если вы хотите опубликовать сайт 3.5, выберите 2.0 в качестве среды выполнения пула приложений.
3.5 лежит поверх 2.0.
Обновление Если вы хотите установить среду выполнения .NET 4 в IIS.Сначала просто установите среду выполнения, а затем выполните следующую команду:
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_regiis.exe -i
Это зарегистрирует среду выполнения v4 в IIS.